0 Χριστιανισμός έγινε από νωρίς γνωστός στην Κρήτη. Ο Απόστολος Παύλος και οι συ­νεργάτες του εργάσθηκαν δραστήρια για τη διάδοση και την εμπέδωση του. Ο Τίτος, μα­θητής του Παύλου, διετέλεσε πρώτος Επίσκοπος της Εκκλησίας της Κρήτης. Αρχικά ιδρύ­θηκαν χριστιανικές κοινότητες στα αστικά κέντρα, όπου υπήρχαν Ιουδαίοι και ευμενώς δια­κείμενοι προς αυτούς (προσήλυτοι). Αργότερα, χριστιανικές κοινότητες ιδρύθηκαν όχι χωρίς δυσκολίες, και στην ύπαιθρο.

Από την πρωτοχριστιανική περίοδο (Ιος-3ος αι. μ.Χ.), όταν ο Χριστιανισμός αποτελούσε απηγορευμένη θρησκεία, δεν είναι με βεβαιότητα γνωστά μνημεία στην περιοχή Μυλοποτά-μου. Ίσως από την περίοδο αυτή να προέρχονται τάφοι μαρτύρων, πάνω στους οποίους αναγέρθηκαν χριστιανικοί ναοί, από τον 4ο αι. μ.Χ. και εξής. Ως χώροι λατρείας χρησίμευ­αν τότε ιδιωτικές οικίες που συνήθως ανήκαν σε εύπορους χριστιανούς.

Κατά την παλαιοχριστιανική εποχή (4ος-6ος αι. μ.Χ.), οπότε ο Χριστιανισμός έγινε θρη­σκεία της πλειοψηφίας των κατοίκων χωρίς να εκλείψουν τελείως οι οπαδοί του Δωδεκά­θεου του Ολύμπου, αναγέρθηκαν πολυάριθμοι χριστιανικοί ναοί. Πρόκειται κατά κανόνα για τρίκλιτες, ξυλόστεγες βασιλικές του απλού ελληνιστικού τύπου, με νάρθηκα και διάφο­ρα προσκτίσματα, όπως: Πρόθεση, Διακονικό, Βαπτιστήριο κ.λπ. Η βασιλική αποτελούσε το κέντρο της λατρευτικής, πνευματικής και κοινωνικής ζωής των πιστών.

Αν και δεν έχει προχωρήσει όσο θα έπρεπε η επιστημονική έρευνα στην περιοχή του Μυλοποτάμου, είναι μέχρι σήμερα γνωστά μεταξύ άλλων και τα εξής παλαιοχριστιανικά μνη­μεία:
α) ο Άγιος Ιωάννης στο νεκροταφείο της Αξού),
β) ο Άγιος Ελευθέριος και ο Άγιος Μόδεστος στην Αξό,
γ) η Αγία Ειρήνη στη Βιράν Επισκοπή,
δ) η Αγία Ειρήνη στην Ελεύθερνα,
ε) η βασιλική Επισκόπου Ευφρατά στην Ελεύθερνα,
στ) ο Άγιος Ιωάννης (Φρα-γκοκκλησιά) στην Επισκοπή Μυλοποτάμου, ζ) η Αγία Σοφία στο Πάνορμο και άλλα.

Από τα μνημεία αυτά συστηματικά έχουν ανασκαφεί οι βασιλικές του Πανόρμου και της Ελεύθερνας (Αγία Σοφία και βασιλική Επισκόπου Ευφρατά).
Κατά την παλαιοχρι­στιανική περίοδο, η Ελεύθερνα και η Αξός υπήρξαν σπουδαία εκκλησιαστικά κέντρα και έδρες Επισκοπών. Πιθανώς ή έδρα της Επισκοπής Ελευθέρνης μεταφέρθηκε αργό­τερα στο Πάνορμο.

Από τον 7ο αιώνα μ.Χ. και εξής, τα παλαιοχριστιανικά μνημεία του Μυλοποτάμου άρχι­σαν να ερειπώνονται συνεπεία διαφόρων αιτίων, όπως των αραβικών και άλλων εχθρικών

επιδρομών, της εικονομαχίας, φυσικών καταστροφών, της φυσικής γήρανσης των οικοδομημάτων κ.λπ.

Μετά την Αραβοκρατία (824-961 μ.Χ.) πάνω στα ερείπια πολλών παλαιοχριστιανικών ναών, αναγέρθηκαν ναοί μικρότερων διαστάσεων, στους οποίους συνεχίστηκε η χριστιανική λατρεία και ορισμένοι από τους οποίους διατηρούνται μέχρι και σήμερα.

ΙΩΑΝΝΗΣ ΒΟΛΑΝΑΚΗ