Βρίσκεται σε υψόμετρο 120 μ. και σε απόσταση 44 χλμ. από το Ρέθυμνο.
Αναφέρεται το 1577, στην επαρχία Μυλοποτάμου, από το Fr. Barozzi, (f°28r) ως Sisses και το 1583, από τον Καστροφύλακα (K183) Sisses, με 370 οφειλόμενες αγγαρείες, χωρίς να αναφέρεται ο πληθυσμός.
Από το Βασιλικάτα (Μνημεία Κρητ. Ιστ. V, σ. 131) Sisses, το 1630.
Στην Τουρκική απογραφή του 1671, Sises με 16 χαράτσια (Ν. Σταυρινίδη, Μεταφράσεις B', σ. 130).
To 1881 αναφέρεται Σίσαις στο δήμο Δαμάστας με 205 Χριστιανούς.
το 1900 γράφεται Σείσες, στον ίδιο δήμο, κάτ. 267,
το 1920 έδρα ομώνυμου αγροτικού δήμου, κάτ. 316.
Στο "ΦΕΚ.Α27" του 1925 καταγράφονται τα στοιχεία αρχικής αναγνωρίσεως της κοινότητος Σισών (Δ. 26-1-1925):
Έδρα:Σίσαι, αι
Συνοικισμοί αρχικώς απαρτήσαντες την κοινότητα:
Σείσες
Μονή Βοσάκου
Συνοικισμοί αποτελούντες νυν την κοινότητα:
Σίσαι, αι
Μονή Βοσάκου, η
(βλέπουμε σε ένα ΦΕΚ και τις δύο μορφές γραφής του χωριού:Σείσες και Σίσες).
Το 1928 γράφεται Σείσες και είναι έδρα ομώνυμης κοινότητας με 334 κατοίκους και ο Συνοικισμός της Μονής Βοσάκου με 27 κατοίκους.
Το 1940 γράφεται «αι Σίσαι» με 423 κατοίκους και η Μονή Βοσάκου με 12.
Το 1951 Σίσαι(ο τόνος περισπωμένη) με 297 κατοίκους και η Μονή Βοσάκου με 152, που σημαίνει ότι πολλοί Σισανοί απογράφησαν στη Μονή Βοσάκου και όχι στην κοινότητά τους.
Το 1961 καταγράφονται στις Σίσες 465 κάτοικοι και στη Μονή Βοσάκου κανένας. Το 1971 κάτ. 409 και
το 1981 με 486 κατοίκους.
Οι κύριες αγροτικές ασχολίες του χωριού είναι κτηνοτροφία, μελισσοκομία και τις τελευταίες δεκαετίες η καλλιέργεια εσπεριδοειδών και ελαιοδένδρων. Τα πορτοκάλια και το λάδι των Σισών θεωρούνται εξαιρετικής ποιότητας. Επίσης στις Σίσες συλλέγεται από το φυτό αγκίσαρος, η εξαιρετικής ποιότητας αρωματική ρητίνη, αλάδανος.
Βορειοδυτικά του χωριού, κοντά στην Αλυκή, διαμορφώνοντας το χώρο για καλλιέργειες, το 1965, ήρθε στην επιφάνεια κυλινδρική πέτρα με διάμετρο:0,45 μ. και ύψος:0,64 μ. Έφερε επιγραφή ΣΙΣΑΙΩΝ και θεωρείται ότι χρησίμευε ως βωμός ή όρος (terminum sacrificalem). To γεγονός ανέφερε στην Αρχαιολογική Υπηρεσία ο Ηρακλειώτης Μιχ. Γ. Διαλυνάς, η οποία παρέλαβε την επιγραφή, που σήμερα βρίσκεται στο Μουσείο Ηρακλείου.
Η επιγραφή Σισαίων πιστοποιεί, ότι στη θέση αυτή υπήρχε παράλιος πόλη, που το όνομά της πρέπει να ήταν Σίσα ή Σίσαι, όνομα που διασώζει αναλλοίωτο το σημερινό χωριό. Όπως προκύπτει από το σχήμα των γραμμάτων, η επιγραφή ανήκει στα τέλη του Β ή στις αρχές του A' π.Χ. αιώνα. Ενδέχεται η αρχαία πόλη να ξεκινούσε από τα Σίσαρχα (όπως υποδηλώνει το όνομα), οικισμό σήμερα του δήμου Ανωγείων, που βρίσκεται σε υψόμετρο 640 μ. και να τελείωνε παραθαλάσσια, στη σημερινή περιοχή των Σισών.
Στην περιοχή των Σισών υπάρχουν σκωρίες(σκουριές), πράγμα που σημαίνει ότι υπάρχει σιδηρομετάλλευμα, που τα αρχαιότερα χρόνια, εκαμίνευαν οι τότε κάτοικοι. (Βλ. και «Κρητικά Χρονικά», ΙΘ', σ. 284, 229).
Τo όνομα Σίσαι είναι ασφαλώς προελληνικό και η ρίζα του, όπως και των οικισμών Σίσι και Σίσαρχα σχετίζεται με το όνομα της πόλης Sis στο εσωτερικό της Κιλικίας, σύμφωνα με τον Στυλ. Αλεξίου. (To Έργον της Αρχαιολογικής Εταιρίας κατά το 1965, a.141). Η αρχαία πόλη Σίσαι είναι άγνωστη και δεν αναφέρεται σε καμία πηγή.
Οι σύγχρονοι κάτοικοι έχουν διαμορφώσει τη δική τους εκδοχή για την ετυμολογία του χωριού. Εκδοχή που σχετίζεται με τους Τούρκους και μια μάχη στη θέση Μνήματα (στου «Λευτέρη το Κούτελο»). [Το χωριό έγινε πεδίο πολεμικών συγκρούσεων με τους Τούρκους, σίγουρα σε δύο περιόδους. Την πρώτη ήταν από το 1646-1669 με την κατάληψη της Κρήτης από τους Τούρκους(βλέπε παρακάτω) και τη δεύτερη την περίοδο της επαναστάσεως του 1821, που κατέληξε στην πυρπόληση της Μονής Βοσάκου].
Στα «Μνήματα» λοιπόν, είχαν μαζευτεί οι Σισανοί για να αντιμετωπίσουν τους Τούρκους, οι οποίοι είχαν στρατοπεδεύσει στο Βόσακο και αναμένονταν να κατέβουν από τη μεριά της Χαλκιαδήνας. Μάλιστα στο Βαρδιάνη, απέναντι από τη Χαλκιαδήνα, είχαν τοποθετήσει σκοπό που θα ειδοποιούσε για την άφιξη των Τούρκων χτυπώντας επαναλαμβανόμενα ένα λέρι. Ένας καλόγερος όμως που γνώριζε τις προετοιμασίες των Σισανών, οδήγησε τους Τούρκους στο πεδίο της μάχης, από του Μούγκρη, από αντίθετη δηλαδή κατεύθυνση. Αποτέλεσμα, ο πλήρης αιφνιδιασμός των Σισανών, ενώ η μάχη που επακολούθησε κατέληξε σε λουτρό αίματος. Κατά τη διάρκεια της μάχης, σύμφωνα με την παράδοση, «σείστηκε η γης», δηλαδή συνέβη σεισμός, από όπου και προέρχεται η ονομασία του χωριού. Μετά τη σφαγή των Σισανών οι Τούρκοι συνέλαβαν τον καλόγερο, θεωρώντας τον επικίνδυνο και σκεπτόμενοι ότι αφού πρόδωσε τους δικούς του, θα προδώσει και τους ίδιους. Τον εκτέλεσαν λίγο πιο πέρα, στο Μασχάλι, περιοχή που έκτοτε αποκαλείται Καλογερομάσχαλο. Σύμφωνα με την παράδοση μόνο τρεις κατάφεραν να διασωθούν, ένας Ρασούλης, ένας Μαυράκης και ένας Λιανέρης. Οι διασωθέντες μάλλον εκπροσωπούν τις αρχαιότερες οικογένειες του χωριού. Μάλιστα το επίθετο Ρασούλης εμφανίζεται σε "απόδοση προίκας" το 1549 στο χωριό Κορφές Ηρακλείου.
Σε άλλο έγγραφο των "Βενετικών Πηγών", με τίτλο:"ΕΙΔΙΚΟ ΠΛΗΡΕΞΟΥΣΙΟ ΠΑΡΑΧΩΡΗΣΗΣ ΕΠΙΚΑΡΠΙΑΣ ΔΕΝΔΡΩΝ στις Σίσες το 1549", εμφανίζεται ο κάτοικος Σισών Γεώργις Χούμνος να παραχωρεί στον κουνιάδο του Αλέξιο Κατλαγιασή, τα δέντρα του, "εις το χωρίον Αλώϋδαις, εις τον τόπον του μισερ-Μαρή Γρηέδου" .
Η ετυμολογία των Σισών μάλλον έχει σχέση με το σεισμό, αφού έτσι κι' αλλιώς η περιοχή είναι σεισμογενής(μπορεί και οι Σισαίοι να εκπροσωπούν γίγαντες αντίστοιχους με τους Αλωίδες). Ίσως πάλι, να προέρχεται από το φυτό σίσαρος, που μπορεί να είναι ο αγκίσαρος. Το φυτό αυτό παράγει τον περίφημο αλάδανο και συναντάται σε μεγάλες εκτάσεις(αλαδανότοπους) στα όρια των Σισών. Ο αλάδανος συλλέγεται από το φυτό «σέρνοντας» λουριά πάνω στο φύλλωμά του, δηλαδή και πάλι το όνομα, έχει σχέση με το «σίσιμο».
Στους «Πέρα Γαλήνους», στη θέση Άκρα Σούδας, εντοπίστηκε μεσομινωϊκή εγκατάσταση, τυχαία, το 1983. Μέχρι σήμερα έχουν ανασκαφεί περί τα 400 τμ. και έχει αποκαλυφθεί ένα σύμπλεγμα αρχιτεκτονικών δομών. Φαίνεται ότι εκεί υπήρχε, εξειδικευμένη βιοτεχνική εγκατάσταση. Oι Γαλήνοι βρίσκονται σε μια από τις μεταλλοφόρες περιοχές της Κρήτης (ανατολικά των Ταλαίων ορέων). Ειδικότερα το έδαφος στους Γαλήνους είναι πλούσιο σε αργυρούχο μόλυβδο και σε αρσενικό, που είναι απαραίτητο για τη σκλήρυνση του χαλκού. Μόνο στο χώρο των Γαλήνων σε απόσταση ενός έως δύο χιλιομέτρων από τον οικισμό παρατηρήθηκαν τουλάχιστον τέσσερα μεταλλεία, ενώ στην ευρύτερη περιοχή των Σισών εντοπίστηκαν άλλα πέντε. Περισσότερα: για τον οικισμό στους «Πέρα Γαλήνους».
Η πολυετής έρευνα του αρχαιολόγου Νικήτα Λιανέρη στον Άγιο Αντώνιο στους «Πέρα Γαλήνους», έφερε στο φως πλήθος ευρημάτων. Παρατίθεται σε φωτογραφίες μικρό τμήμα των ευρημάτων: