Βρίσκεται σε υψόμετρο 100 μ. και απέχει από το Ρέθυμνο 28 χλμ.

Ιστορικές Αναφορές: Η αρχαιότερη καταγεγραμμένη αναφορά του ονόματος του χωριού υπάρχει σε έγγραφα του 1379 και 1382, στο Δουκικό Αρχείο του Χάνδακα [Melidoni, turma Millopotami, όταν ήταν φέουδο του Iac. de Medio. (Βλ. El. Santschi, Régestes des arrêts civils etc. σ. 212 και 237)].

Τo 1577 αναφέρεται από τον Fr Barozzi (P28r) Melidoni, το 1583 από τον Καστροφύλακα (K172) Melidoni με 645 κάτ. και (Κ 184) με 1269 οφειλόμενες αγγαρείες.

Το 1630 από το Βασιλικάτα (Μνημεία Κρητ. Ιστ. V, σ. 132) αναφέρεται Mille done. ενώ στη σελ.21 αναφέρεται Mellidone. Στην τουρκική απογραφή του 1671 Melidoni με 106 χαράτσια. (Ν. Σταυρινίδη, Μεταφράσεις, B', σ.131).

Στην απογραφή του 1881 είναι έδρα ομώνυμου δήμου και έχει κατοίκους 464 Χριστιανούς και 1 Τούρκο.

Το 1900 με κατ. 607, η έδρα του δήμου μεταφέρεται στο Καστέλι (σημερινό Πάνορμο).

Τo 1920 έδρα ομώνυμου αγροτικού δήμου, κάτ. 658,

το 1928 κάτ. 663,

το 1940 Μελιδόνιον, κάτ. 730,

το 1951 κάτ. 633,

το 1961 κάτ. 596,

το 1971 κάτ. 424. και

το 1981 κάτ. 386.

Ο Ρεθεμνιώτης δάσκαλος Εμ. Λαμπρινάκης στην «Γεωγραφία Κρήτης» (σ.94) αναφέρει ότι «παράγει εύοσμον μέλι όθεν το όνομα»! Περισσότερο πειστικό πάντως θεωρείται ότι το όνομα του χωριού προέρχεται από το βυζαντινό επώνυμο Μελιδόνης (Σ. Ξανθουδίδης, Επαρχίαι και πόλεις τής Κρήτης, Ε.Ε.Β.Σ. τόμ. Γ', σ.41). Επώνυμο που υπάρχει και σήμερα στην Κρήτη.

Την περίοδο της Ενετοκρατίας ήταν από τα πιό μεγάλα χωριά τού Μυλοποτάμου. Σύμφωνα με άλλη παράδοση το όνομα του χωριού προέρχεται από μια ενετική καταγραφή πληθυσμού κατά την οποία βρέθηκαν χίλιες γυναίκες στο χωριό, δηλαδή milledone(Milledone).

Την τούρκικη περίοδο ήταν φέουδο του ντισντάρ (φρουράρχου) του Μεγάλου Κάστρου αλλά Τούρκοι δεν κατοίκησαν σ' αυτό. Στις αρχές του 19ου αιώνα ήταν έδρα του Επισκόπου Αυλοποτάμου. (Gerola, Monumenti Veneti ecc. II, σ.98).

Από το Μελιδόνι κατάγεται ο Αντώνιος Μελιδόνης ή Δάνδολος, ο οποίος μυήθηκε στην Φιλική Εταιρεία και ορίστηκε από τον Αλέξανδρο Υψηλάντη ως υπεύθυνος να μυήσει Έλληνες της Μ. Ασίας στην οργάνωση. Με το ξέσπασμα της Επανάστασης είχε συγκεντρώσει πάνω από χίλιους άνδρες σε σώμα και ξεκίνησε να συναντήσει συνδέσμους των φιλικών στη Σμύρνη. Όμως στις τάξεις της οργάνωσής του, είχαν εισχωρήσει και προδότες, που μαρτύρησαν στις τουρκικές αρχές το σχέδιο. Οπότε αναγκάστηκε να παραμείνει στη Σάμο, προς αποφυγήν αντιποίνων εις βάρος των Ελλήνων της Σμύρνης. Στη Σάμο έδωσε σκληρές μάχες και τελικά κατέληξε στην Κρήτη όπου και αγωνίστηκε με τον ίδιο ενθουσιασμό στην επαρχία Αμαρίου. Η φήμη του προκάλεσε την αντιζηλία του Σφακιανού αρχηγού Ρούσου Βουρδουμπά, με τον οποίο ήρθε γρήγορα σε ρήξη. Αποτέλεσμα ήταν ο Βουρδουμπάς να σκοτώσει τον οπλαρχηγό Μελιδόνη το 1822, οπότε και επήλθε άμεσα αποδιοργάνωση της Επανάστασης και ανακατάληψη της επαναστατημένης επαρχίας Αμαρίου από τους Τούρκους. Οι Τούρκοι πέταξαν το πτώμα του Μελιδόνη στα σκυλιά. Πλήθος θρύλων και τραγουδιών διασώζουν τη γενναιότητα του αγωνιστή.

Ιδιαίτερη μνεία πρέπει να γίνει και στον αδελφό του Αντώνιοιυ Μελιδόνη, στον Γεώργιο. Είχε μεταναστεύσει στην Κωνσταντινούπολη όπυ διακρίθηκε ως πρακτικός γιατρός και βοτανολόγος. Είχε κερδίσει την εύνοια της μητέρας του σουλτάνου Μαχμούτ Β', την οποία και εκμεταλλέυτηκε στο έπακρον προς τους σκοπούς της Φιλικής Εταιρείας. Αργότερα μετακόμισε στην Ύδρα και στην Πελοπόννησο όπου εργάστηκε ως γραμματέας του Δημήτριου Υψηλάντη. Σχημάτισε σώμα ενόπλων Κρητικών, το οποίο και συντηρούσε οικονομικά. Μετά το τέλος του αγώνα εγκαταστάθηκε στην Αθήνα όπου και πέθανε το 1866 πάμφτωχος.

TO ΣΠΗΛΑΙΟ

Σε μικρή απόσταση βορειοδυτικά του χωριού, βρίσκεται ένα από τα πιο ενδιαφέροντα, τόσο από σπηλαιολογική όσο και από αρχαιολογική και ιστορική άποψη, σπήλαια τής Κρήτης, το Tallaeum Antrum της αρχαιότητας, γνωστό και με το όνομα Γεροντόσπηλιος. Ασφαλτοστρωμένος δρόμος από το χωριό οδηγεί σε πλατεία μπροστά από το σπήλαιο, όπου βρίσκεται και η νεόδμητη εκκλησία τής Παναγίας. (Ευαγγελισμός).

Τo σπήλαιο έχουν μελετήσει γεωλογικά και κλιματολογικά οι Γ. Μαρίνος και Β. Κυριαζόπουλος. (Δελτίον Φυσικών Επιστημών, 1939, σ.40). Τo 1964 το χαρτογράφησε και μελέτησε η πρόεδρος τής Ελ. Σπηλ. Ετ. Άννα Πετρό-χειλου, και δημοσίευσε σχετική μελέτη στο Δελτίο της ΕΣΕ, τόμ. VΙΙΙ, 1965,σ. 61. Ακολουθεί τμήμα της σχετικής δημοσίευσης:

Τo σπήλαιο αποτελείται από την Κεντρική Αίθουσα των Ηρώων 44x55x10-25 μ. Κοσμείται από σταλακτίτες και στύλους, όπου είναι και το Μνημείο - Oστεοφυλάκειο. Από την αίθουσα αυτή χωρίζεται σε δυό πλοκάμους. Ο μεγάλος κατευθύνεται προς την Ανατολή και έχει μήκος 30 μ. Ο μικρότερος με κατεύθυνση προς Βορρά καταλήγει στο βάραθρο «Πετρόχειλος». Και οι δυό έχουν πλουσιώτατο λιθωματικό διάκοσμο.

Πάνω από το σπήλαιο υπάρχουν δύο ρήγματα, που έχουν την ίδια κατεύθυνση των πλοκάμων. Από αυτά έτρεχε το νερό της βροχής και διάνοιξε καρστικά τους χώρους του σπηλαίου.

Τη Νεολιθική και τη Μινωική εποχή ήταν τόπος λατρείας και του χάλκινου γίγαντα της Κρήτης Τάλω. Σταλαγμίτες με διάφορες μορφές υπήρξαν αντικείμενα λατρείας. Βρέθηκαν μινωικά όστρακα και ένας μπρούτζινος διπλός πέλεκυς 0,20 μ., Υστερομινωικής I εποχής (Βλ. «Κρητικά Χρονικά» I ',421). Ο Γάλλος σπηλαιολόγος Paul Faure, Fonctions des cavernes cretoises,Paris, 1964, ρ.131) αναφέρει, ότι δεν υπάρχουν αφιερώματα Γεωμετρικής και ελληνιστικής περιόδου. Τη ρωμαϊκή περίοδο ήταν αφιερωμένο στη λατρεία του Ερμού. Η δολίνη προ του σπηλαίου είχε διαμορφωθεί για ιεροτελεστίες. Της ίδιας εποχής είναι και το μετρικό επίγραμμα, που ήταν χαραγμένο μπροστά στην είσοδο του σπηλαίου, που έλεγε, ότι: Ο Μηνάς Σαλούιος είχε κάνει τάξιμο κι ερχόταν κάθε χρόνο με τη γυναίκα του από τα νησιά του Αιγαίου και πρόσφερε θυσία στο θεό Ερμή. Μα η γυναίκα του Άρτεμις απέθανε και επειδή δεν ήλθε το έτος εκείνο να κάμει τη συνηθισμένη θυσία, το επόμενο έκαμε διπλή θυσία, επικαλούμενος τη βοήθεια του παντοκράτορα Εριουνίου Ερμή.

Άρτεμις η Σαλουίου θυγατήρ,

Ούρεσι Ταλλαίοισιν ιδρυμένε Μαιάδος Ερμή,

σπονδήν και θυσίην δέξο φιλοφρόσυνος,

ήν σοι Σαλούιος Μηνάς λοιβαίσι γεραίρει,

κτήσεως εξ οσίης ψυχικά δώρα διδούς.

και πριν μεν ζώσης αλόχου φάος εισοροώσης,

συν κείνη κατ ' έτος σους εγέραιρε τόπους.

ανθ ' ών δ ' ενχρονίσας επετήσιον ούκ απέδωκεν,

συμβίου αγνοτάτης τούδε καταφθιμενης,

αλγήσας φρένα πολλά, μαθών δ ' ότι δεί τά γε θεία

τιμάν, διπλήν σοι τήν δ ' έπορεν θυσίαν.

και συ δε, παντοκράτωρΕριούνιε, τόνδε φυλάσσοις

ζωόν, όπως τιμά σον δι ' όλου τέμενος.

Η επιγραφή έχει δημοσιευθεί από την Marg. Guarducci, Inscriptiones Creticae, vol.II, Roma 1939, p.303).

Περιγραφή του σπηλαίου έχει γράψει το 1577 ο Fr. Barozzi (f°7v) στη Descrittione dell' isola di Creta.

To σπήλαιο του Μελιδονίου έχει συνδεθεί άρρηκτα με τους αιματηρούς αγώνες του Κρητικού Λαού τον τελευταίο αιώνα της Τουρκοκρατίας. Μέσα σ' αυτό έχει γραφεί μια τραγική σελίδα της Ιστορίας της Κρήτης. To 1822 ο αιγύπτιος Χασάν πασάς, πηγαίνοντας στις ανατολικές επαρχίες κατάστρεφε τα πάντα. Οι κάτοικοι του Μελιδονιού κρύφτηκαν στο Γεροντόσπηλιο και σώθηκαν.

Ο Χασάν πασάς πλήρωσε την καταστροφή στο σπήλαιο της Μιλάτου. Τον γκρέμισε το άλογό του και τον σκότωσε. Οι διάδοχοί του, ο Χουσείν μπέης και ο Μουσταφά μπέης τον Οκτώβρη τού 1823 στρατοπέδεψαν στο Μελιδόνι να παραχειμάσουν. Οι κάτοικοι κρύφτηκαν πάλι στο σπήλαιο, όπου είχαν μεταφέρει τρόφιμα για 6 μήνες. Λίγο νερό υπήρχε στο σπήλαιο.

Ο Χουσεΐν μπέης έμαθε το καταφύγιο και τους ζήτησε να παραδοθούν. Αλλά ήταν νωπή ακόμη η τραγωδία του σπηλαίου της Μιλάτου, και δεν πίστεψαν στις διαβεβαιώσεις των, που ποτέ δεν τις τήρησαν. Επροτίμησαν να γίνουν εκούσια θύματα, παρά να πέσουν στην αιχμαλωσία και τη σφαγή. (Κριτοβουλίδης, σ.271).

Κλεισμένοι μέσα στη σπηλιά, ελυώσαμ ' ένα μήνα! Μας έφαγε η αγρυπνιά, μας έφαγε η πείνα, και άντικρυ σε τούρκικο ο Χάρος μετερίζι τα δόντια του ανάμεσα εις το σκοτάδι τρίζει! Επάψαμε να βλέπομε το φώς πιά της ημέρας και μόνο αντικρύζομε τη λάμψη της μαχαίρας! Δέκα τουφέκια ‘κοίμητα το σπήλαιο κρατούνε! Από στεργιά και πέλαγο οι Τούρκοι μάς κτυπούνε... (Σοφ. Καρύδη, Βωμός, Αθήναι 1869)

Ο Χουσεΐν έκλεισε το σπήλαιο με πέτρες, απ' όπου έβλεπαν το φως της ημέρας και ανέπνεαν. Την επομένη τις είχαν πετάξει έξω από το σπήλαιο οι έγκλειστοι. Τέλος μάζεψαν άχυρα, ξύλα, λάδι, θειάφι κ.λπ, τα έρριξαν στο στόμιο και έβαλαν φωτιά. Σύννεφα καπνού κύλησαν μέσα στο σπήλαιο και γέμισαν τους πρώτους θαλάμους. Όσοι βρίσκονταν εκεί δεν άντεξαν και μόλις πρόφθασαν να αγκαλιάσουν τα παιδιά των και πέθαναν από ασφυξία. Άλλοι πρόφθασαν να εισχωρήσουν στο εσωτερικό του σπηλαίου, αλλά ο καπνός τους ακολουθούσε και σε λίγο υπέκυψαν και αυτοί στο πεπρωμένο τους, το Γενάρη του 1824, αφήνοντας εκεί μέσα, στα έγκατα της γής, την τελευταία πνοή των. Τα θύματα τής θηριωδίας του Χουσεΐν ήταν 340 γυναικόπαιδα και 30 οπλοφόροι.

Ύστερα από μέρες 6 από τους κατοίκους πήγαν στο σπήλαιο. Δεν μπορεί να περιγράψει κανείς την αγωνία των ανθρώπων αυτών, όταν είδαν πεθαμένα και ξεγυμνωμένα προσφιλή των πρόσωπα. 0 ένας απ ' αυτούς πέθανε σε λίγες μέρες τρελός και ο άλλος αργότερα μετά 20 μέρες. Ο τρίτος ο Μανόλης Κιρμιτζάκης έζησε και ύστερα από 10 χρόνια, το Φλεβάρη τού 1834, διηγήθηκε τα γεγονότα στον Pashley, που επισκέφτηκε το σπήλαιο, και έμαθε τη γυμνή αλήθεια δίχως στολίδια, γιά να περιγράψει τα γεγονότα στο βιβλίο του Travels in Crete, vol. I, p.131

ΜΟΝΗ ΑΓΙΟΥ ΓΕΩΡΓΙΟΥ ΣΤΟ ΜΕΛΙΔΟΝΙ

Η μονή Αγίου Γεωργίου στο Μελιδόνι φαίνεται ότι λειτουργούσε κατά τον 18o αιώνα. Στην «Ιστορία της Εκκλησίας της Κρήτης επί Τουρκοκρατίας» του Μ. Κριαρά αναφέρεται κώδικας της Μονής Αγίου Νικολάου Άνδρου, σύμφωνα με τον οποίο ο Επίσκοπος Αυλοποτάμου Γεδεών, ο οποίος είχε παραιτηθεί του θρόνου του, πέθανε το 1754 και ενταφιάστηκε στη Μονή του Αγίου Γεωργίου στο Μελιδόνι, που, όπως φαίνεται, ήταν και έδρα της επισκοπής του. Η μονή φυσικά ήταν κατά πολύ παλαιότερη.

Στο υπέρθυρο της εισόδου του ναού υπάρχει ανάγλυφο οικόσημο των Καλλεργών. Και αυτή η μονή, λοιπόν, ανήκε στο φέουδο των Καλλεργών του Μυλοποτάμου, όπως και η Αγία Μαρίνα Χαλέπας, οι Άγιοι Πατέρες στις Σίσες και η Παναγία Χάρακα στο Μπαλί. Στους ναούς και των τεσσάρων αυτών μονών υπάρχει ανάγλυφο το οικόσημο της οικογέμειας.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται σήμερα μέσα στο χωριό, αλλά οι σημερινοί κάτοικοι δεν γνωρίζουν τίποτα για το μοναστικό παρελθόν του.

To έδαφος έχει τσιμεντοστρωθει και υπερυψωθεί τόσο, ώστε να φαίνεται ο ναός... ως υπόγειο. Και φυσικά, δεν διακρίνεται ίχνος από τον τάφο του Επισκόπου Γεδεών, ούτε και από άλλους τάφους που πιθανόν υπήρχαν στον ίδιο χώρο, όπως αναφέρει και σχετική τοπική παράδοση.