Παράλιος οικισμός του Δημοτικού Διαμερίσματος Μελιδονίου, βρίσκεται σε υψόμετρο 10 μέτρων και στη δυτική παραλία του ομώνυμου υπήνεμου όρμου, όπου υπάρχει και μικρό λιμάνι. Απέχει 33 χλμ. Από το Ρέθυμνο και 48 από το Ηράκλειο.
Πρώτη φορά αναφέρεται στην απογραφή του 1900 Μπαλή και Βλυχάδα στο δήμο Μελιδονίου με 75 κατοίκους. Το 1920 αναφέρεται Βαλή στην κοινότητα Εξά(ν)της με 87 κάτ., το 1928 γράφεται Μπαλή, στην κοινότητα Μελιδονίου, κάτ. 29, το 1940 γράφεται Μπαλίον, κάτ. 55, το 1951 κάτ. 63, το 1961 κάτ. 62 και το 1971 κάτ. 91. κάτ. (1981) 141,
Ο οικισμός θεωρείται ότι βρίσκεται στη θέση της αρχαίας Α(σ)τάλης ή κοντά σε αυτήν. Σύμφωνα με τον Σταδιασμό:«Από Αμφιματρίου εις Αστάλην στάδιοι λ'(30) λιμήν εστίν ευωνύμως. Έχει ύδωρ. Από Αστάλης εις Ηράκλειον στάδιοι ρ' (100). Πόλις εστίν. Έχει λιμένα και ύδωρ». Αποτελούσε λιμάνι της Αξού κατά τη Ρωμαϊκή περίοδο. Ο σημερινός οικισμός δημιουργήθηκε περί του τέλους της Τουρκοκρατίας και ονομάστηκε με το τούρκικο όνομα Μπαλί από το balli - μέλι, επειδή στην περιοχή υπήρχε και υπάρχει ανεπτυγμένη μελισσοκομία ή από το balik=ψάρι, baliks=ψαράς.
Στους Ενετικούς χάρτες και στα έγγραφα αναφέρεται reduto di Atali = όρμος της Α(σ)τάλης.
Ο όρμος αυτός χρησιμοποιήθηκε κατά τις επαναστάσεις, για τον εφοδιασμό των επαναστατών. To 1830 συγκεντρώθηκαν στο Μπαλί πολλά γυναικόπαιδα, με σκοπό να φύγουν γιά την ελεύθερη Ελλάδα, αλλά αιγυπτιακά πολεμικά εκανονιοβόλησαν τον όρμο με αποτέλεσμα να σκοτωθούν πολλοί άμαχοι υπό τα βλέμματα των Άγγλων και των Ρώσων, που περιπολούσαν στην περιοχή. Στις 24 Σεπτεμβρίου 1866 αποβιβάστηκε στο Μπαλί ο συνταγματάρχης Πάνος Κορωναίος.
Μέχρι πρόσφατα η πρόσβαση στο χωριό ήταν πολύ δύσκολη και δυνατή με χωματόδρομο, από τα χωριά Μελιδόνι-Εξάντη. Σήμερα η εθνική οδός περνά μπροστά από το χωριό.
Τα πρώτα κτίρια γύρω από το σημερινό λιμάνι, ήταν αποθήκες ιδιοκτησίας των Ηρακλειωτών εμπόρων Ανδρέα και Γεωργίου Δ. Καλοκαιρινού. Η οικιστική ιστορία του σημερινού χωριού μόλις και υπερβαίνει τον αιώνα. Σε συμβόλαιο του 1888 αναφέρονται μερικά «μαγαζιά», που αποτελούσαν το χάνι που είδε το 1893 ο Ιταλός περιηγητής Vittorio Simonelli, που επισκέφθηκε την περιοχή.

ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ:Ι.Μουρέλλου,Ιστορία της Κρήτης, σ.838 - I. Νουχάκη, Χωρογραφία, σ. 173, - Ν.Πλάτωνος, Πόλεις της Βόρ. ακτής κ.λπ. «Κρητικά Χρονικά», B', σ.364 - G. Gerola, Monumenti veneti ecc. vol. IV, 68,fig. 41 - T.A.B. Spratt, Travels and researches in Crete,ΙI, 114.

Στο Μπαλί υπάγεται και ένας μικρότερος οικισμός, η Βλυχάδα. Η Βλυχάδα βρίσκεται νότια του Μπαλή, ή νοτιοδυτικά της Πυροβολόπετρας(σύμφωνα με τον Basilicata-1618- στην Πυροβολόπετρα τοποθετείται η αρχαία Αστάλη-Atali-). Τον πρώτο αιώνα της Ενετοκρατίας η Βλυχάδα ανήκε στην Τούρμα του Μυλοποτάμου, που υπάγονταν στο Σεξτέριο του Καστέλλου, ενώ από τις αρχές του 14ου αι. έως το τέλος της Ενετοκρατίας ανήκε στην Καστελλανία του Μυλοποτάμου που υπάγονταν στο διαμέρισμα(Territorium) του Ρεθύμνου. Με τη σύμβαση της Χαλέπας του 1879 και την πρώτη ουσιαστική οργάνωση των Δήμων, η Βλυχάδα(με 15 άντρες και 11 γυναίκες, εκ των οποίων 25 χριστιανοί και 1 μουσουλμάνος) και άλλα 17 χωριά της περιοχής συγκρότησαν το Δήμο Μελιδονίου. Το 1911, με το διάταγμα περί Δήμων, μαζί με την Ιερά Μονή Τιμίου Προδρόμου Ατάλης- Μπαλή, ανήκε στον Αγροτικό Δήμο Β' Τάξεως Εξάνδη. Το 1925 ανήκε στην κοινότητα Αχλαδέ και στην απογραφή του 1991, στην κοινότητα Μελιδονίου, απογράφησαν 33 κάτοικοι στη Βλυχάδα και 203 στο Μπαλή.
Η ονομασία του οικισμού προέρχεται από το βλυχός που σημαίνει υφάλμυρος, γλυφός(Είναι εκειδά στη θάλασσα μιαν αναβάλλουσα, μά ναι το νερό βλυχό). Αρχικά αφορούσε ολόκληρη την κοιλάδα, αργότερα ο παλαιότερος οικισμός ονομάστηκε Πάνω Βλυχάδα και ο νεότερος, Κάτω Βλυχάδα. Το 1963 μετονομάστηκαν σε «Χάρακας» και «Βλυχάδα» αντίστοιχα(Β.Δ. 743/14-11-63, Φ.Ε.Κ. Α' 219/63). Ο οικισμός κυριαρχούσε στην περιοχή μέχρι το τέλος της Τουρκοκρατίας, ενώ το Δημοτικό Σχολείο Μπαλή ονομάζονταν μέχρι το 2005, Δημοτικό Σχολείο Βλυχάδας.
Στον βενετσιάνικο κατάλογο φρουρών του 1633 αναφέρεται η Αστάλη και ο Πύργος της Αστάλης (Gloria:από τις βραχονησίδες Γλαριά που βρίσκονται δυτικά του Μπαλή). Οι φρουρές αυτές ήταν επιφορτισμένες με τη φύλαξη της περιοχής που τους αντιστοιχούσε. Στον Πύργο είχε εγκατασταθεί λόχος στρατιωτών, ενώ αρμοδιότητες φρούρησης είχαν ανατεθεί και σε ένοπλους κατοίκους της Βλυχάδας και του Μελιδονίου, οι οποίοι είχαν αναλάβει και την προστασία της Αστάλης. Ερείπια των φρουρών έχουν εντοπιστεί στις θέσεις:Λαγούδω, Μνημούρι, Μαχιά, Ατσιπουρές, Αμυγδαλιάς, Ζούρβες, Αχαλασές(όπου σήμερα βρίσκεται το Manolioudis Villas), Πετρογιάννη το σπιτάκι και άλλες έξι περιοχές. Σύμφωνα με τον κατάλογο του 1633 είχαν δοθεί όπλα σε 32 κατοίκους της Βλυχάδας, χωρισμένους σε έξι ομάδες. Στη θέση του Πύργου, οι Τούρκοι έστησαν το δικό τους φυλάκιο, γνωστό ως Μπουρμπαδόπυργο ή Κούλε. Τον ανατίναξαν οι Γερμανοί επειδή έδινε στόχο και ήταν σημείο αναφοράς στα συμμαχικά αεροπλάνα.
Το Μπαλή και η Βλυχάδα βρίσκονται σε έναν από τους κύριους χώρους που λατρεύονταν ο γίγαντας Τάλως, ο αρχαίος φύλακας της Κρήτης. Τα βουνά που ξεκινάνε από τη Βλυχάδα και αυξάνουν κλιμακωτά το ύψος τους (έως τα 1100 μ.) ονομάζονται Ταλαία Όρη. Οι πιο γνωστές κορφές των Ταλαίων είναι η Αγία Υπακουή, ο Μπαχούμης, η Μαύρη, η Βουκολιά, η Άσπρη, η Σοφιανή, η Αλοδιανή Κορφή, ο Κουτσοτρούλης και ο Κουλούκωνας. Αργότερα λατρεύονταν ο θεός Ερμής, ο προστάτης του εμπορίου. Ο Γεροντόσπηλιος του Μελιδονίου ήταν τόπος κατοικίας του γίγαντα και λατρείας του θεού Ερμή.
Φαίνεται ότι η Αστάλλη λειτουργούσε ως επίνειο της Ελεύθερνας και οι Σίσαι ως επίνειο της Αξού. Μεγάλο παλαιοντολογικό ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα σπήλαια στην περιοχή της Παναγίας του Χάρακα και στο Καλό Χωράφι(Σισών) όπου έχουν βρεθεί απολιθώματα ελαφοειδών και ελεφάντων.
Στο Μπαλί βρίσκεται η Μονή του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου γνωστή και ως Μονή Μπαλί ή Μονή Αττάλης. Βρίσκεται σε μικρή απόσταση, νοτίως του οικισμού και στην ανατολική πλευρά του λόφου της Αγίας Υπακοής (ύψους 221 μ.) που είναι δίδυμος λόφος του υψώματος που λέγεται Μπαχούμης. To καθολικό της μονής έχει δύο κλίτη, το βόρειο αφιερωμένο στην αποτομή της κάρας του αγίου (εορτάζει 29 Αυγούστου) και το νότιο στο γενέθλιο του (24 Ιουνίου).
Η παράδοση αναφέρει, ότι ιδρύθηκε από τον ιερομόναχο Παχώμιο το 1635, ο οποίος εμόναζε πρίν στο ύψωμα του Μπαχούμη (από το όνομα του πρώτου αναχωρητή στο λόφο αυτό Παχώμιου), ανατολικά απέναντι από τη μονή. Η ίδια παράδοση αναφέρει, ότι στη θέση αυτή της μονής βρίσκονταν μικρή βυζαντινή εκκλησία με τοιχογραφίες, της οποίας μέρος ενσωματώθηκε στο σημερινό ναό. Η σημερινή βόρεια είσοδος, με το υπέρθυρο, που φέρει την επιγραφή:
AXΛE' (1635) Αρχή Σοφίας φόβος Κυρίου
Μνήσθητι Κύριε του δούλου σου Παχομίου ιερομόναχου.
Ο Gerola (Monumenti Veneti κ.λπ. IV, 485) πιστεύει, ότι ο ιερομόναχος Παχώμιος είναι ο ίδιος που αναφέρεται στην επιγραφή της μονής της Παναγιάς στο Βατέ (σελ.486): Μνήστητη, Κύριε, του δούλου σου Παχωμίου ιερομόναχου του Καφάτου,ΑΧΚΑ' (1624).
Στο κέντρο του καθολικού σώζονται τρεις τάφοι, δύο παράλληλοι με το ναό και ένας εγκάρσιος.
Η σημερινή ονομασία, Μονή Μπαλί, καθιερώθηκε τα τελευταία χρόνια της Τουρκοκρατίας, και ονομάστηκε έτσι επειδή η μονή παρήγαγε τότε περίπου δυόμισι τόνους μέλι ετησίως και Μπαλί στα τούρκικα σημαίνει μέλι. Αρχικά, και μέχρι το τέλος του 18ου αιώνα ήταν γνωστό με το όνομα Μονή Ατάλης, από την ιταλική ονομασία του όρμου reduto di Atali.
Στην Ιερά Μονή Ατάλης υπάγεται και η εκκλησία «Παναγία η Χαρακιανή»(στο 93ο Km της εθνική οδού), περιώνυμο προσκύνημα για ολόκληρη την Κρήτη.
ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ: Μιχ. Μ. Παπαδάκης, «To Μοναστήρι Μπαλί (Ατάλη) στο Μυλοπόταμο», «Προμηθεύς Πυρφόρος», τεύχ. 26, σ.307.
Μιχάλης Τρούλης: «Ρέθυμνο, Ιστορία- Περιήγηση-Σύγχρονη ζωή»(Ρέθυμνο 1999) ,
«Ιερά Μονή τιμίου Προδρόμου Ατάλης-Μπαλή»(Ρέθυμνο,2001).